インボイス制度の経過措置改正をわかりやすく解説|2026年からの変更点と企業への影響

インボイス制度の経過措置改正をわかりやすく解説|2026年からの変更点と企業への影響

1.インボイス経過措置の改正概要

 2026年10月から、免税事業者等からの課税仕入れに対するインボイス制度の経過措置は、従来の「80%控除」から「70%控除」へ引き下げられます。もっとも、令和8年度税制改正では、当初予定されていた「80%から50%への縮小」が緩和され、70%・50%・30%と段階的に縮小する新スケジュールへ見直されました。あわせて、経過措置の終了時期も2031年9月末まで2年延長されています。

 今回の改正は、免税事業者との外注・仕入取引が多い課税事業者の企業に影響をもたらします。控除率が下がる分だけ消費税の実効負担が増え、同じ仕入金額でも納税額やキャッシュフローが悪化しやすくなるためです。他方、財務省が示す改正の狙いは、制度定着までの激変緩和と、経過措置の濫用防止を両立させる点にあります。なお、簡易課税制度では売上税額を基礎にみなし仕入率で税額を計算するため、今回の改正に対する影響は本則課税の場合より限定的です。

 実務上は、単に「2026年10月から70%になる」と把握するだけでは不十分です。取引成立日の判定、帳簿への記載、請求書保存、会計システムの税区分設定、取引先の登録状況管理、価格改定や契約見直しまでを一体として進める必要があります。特に、大口取引では「1免税事業者等あたり年間1億円超の部分は経過措置の対象外」という新たな制限が重要になります。

2.インボイス制度とは

 インボイス制度は、消費税の仕入税額控除をより正確に行うための「適格請求書等保存方式」であり、2023年10月1日から開始されています。買手が仕入税額控除を受けるには、原則として、一定事項を記載した帳簿と適格請求書等の保存が必要です。適格請求書とは、売手が買手に正確な適用税率や消費税額等を伝えるための書類やデータであり、請求書に限らず、納品書や領収書でも要件を満たしていれば適格請求書に該当します。主な記載事項は、売手の氏名または名称および登録番号、取引年月日、取引内容、税率ごとに区分した対価額および適用税率、税率ごとに区分した消費税額等、そして交付を受ける事業者の氏名または名称です。

 重要なのは、適格請求書を発行できるのは、税務署長の登録を受けた「適格請求書発行事業者」に限られる点です。したがって、免税事業者や未登録の事業者、一般消費者などは適格請求書を発行できません。免税事業者は、基準期間等の課税売上高が一定以下であれば納税義務が免除されますが、インボイス発行事業者の登録を受けている間は、原則として消費税の納税義務が免除されません。

 請求書等の保存期間は原則7年であり、帳簿も同様に保存が求められます。この保存要件は、制度開始後の仕入税額控除の実務において極めて重要です。税率区分や相手先の登録番号の管理は、会計・証憑管理の中心論点になっています。

 簡易課税制度を選択している事業者は、売上税額を基礎にみなし仕入率で税額計算を行うため、適格請求書の保存や経過措置の控除割合を個別に確認する必要はなく、本則課税の事業者より影響は限定的です。したがって、今回の経過措置改正の影響は、本則課税の事業者に生じるものと整理できます。

3.経過措置の趣旨と令和8年度改正の内容

 インボイス制度では、本来、適格請求書のない仕入れは仕入税額控除の対象外となります。そのため、制度開始時に免税事業者等との取引が多い買手側へ急激な負担増が生じることを避ける目的で、一定割合の控除を認める経過措置が設けられました。これがいわゆる8割控除と呼ばれる経過措置です。当初の法律上のスケジュールでは、2023年10月1日から2026年9月30日までは80%控除、2026年10月1日から2029年9月30日までは50%控除、その後は控除不可という設計でした。しかし、令和8年度税制改正により、引下げのペースが緩和されたうえ、最終期限も2年延長されました。

期間 改正前 改正後
2023年10月1日~2026年9月30日 80% 80%
2026年10月1日~2028年9月30日 50% 70%
2028年10月1日~2029年9月30日 50% 50%
2029年10月1日~2030年9月30日 控除不可 50%
2030年10月1日~2031年9月30日 控除不可 30%
2031年10月1日以後 控除不可 控除不可

 上表は、国税庁の公表内容をもとに再整理したものです。改正後は「80%→70%→50%→30%→0%」という段階的な縮小へ変更されました。改正後の経過措置の適用対象は、免税事業者など、適格請求書発行事業者以外の者から行った課税仕入れです。

 加えて、2026年改正では新たな制限も加わりました。具体的には、1免税事業者等からの課税仕入れの合計額が、その年または事業年度で1億円を超える場合、その超える部分については経過措置を適用できないという制限です。改正前の上限は10億円であったため、大口取引を行う企業では影響が一気に顕在化し得ます。この上限ルールは、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

4.実務対応のポイント

 今回の改正に対する実務対応のポイントは、控除割合の引き下げを見据え、取引先・経理体制・資金計画を早めに見直すことです。まず、適格請求書発行事業者として登録していない取引先を洗い出し、免税事業者からの年間仕入額を把握したうえで、控除割合が引き下げられた場合の消費税負担を試算しましょう。その結果を踏まえ、取引価格の見直しやインボイス登録の依頼、取引継続の方針などを検討することが重要です。価格交渉を行う際は、一方的な値下げ要求が独占禁止法や下請法上の問題となる可能性もあるため、双方の合意を前提に進める必要があります。

 経理面では、令和8年10月以降の控除割合に対応できるよう、会計ソフトや経理システムの税区分設定を事前に確認し、必要なアップデートや設定変更を済ませておきましょう。また、経過措置の適用には、帳簿への所定事項の記載や請求書等の保存が必要となるため、保存体制の整備や経理担当者への周知も欠かせません。

 さらに、控除割合の引き下げに伴い消費税の納税額は段階的に増加するため、中長期的な資金繰りへの影響も考慮する必要があります。各段階での負担増をシミュレーションし、資金計画に反映させることで、将来的な資金不足を防ぎやすくなります。あわせて、本則課税と簡易課税のどちらが有利かを定期的に検討し、届出期限も含めて適切な税務方針を整理しておくことが重要です。制度内容は今後も変更される可能性があるため、国税庁などの最新情報を確認しながら、計画的に対応を進めましょう。

5.経過措置の改正に伴う影響額の試算

 簡単なシミュレーションにより、今回の改正の影響を見てみましょう。前提は、税率は10%、本則課税、免税事業者等からの仕入れとし、地方消費税を含む消費税相当額ベースで考えます。計算の基本式は、税込額から消費税相当額を算出し、そのうえで経過措置の控除割合を掛ける方法です。

 まず、小口取引の例です。税込110万円の外注費を免税事業者へ支払う場合、消費税相当額は10万円です。80%控除なら8万円、70%控除なら7万円、50%控除なら5万円、30%控除なら3万円が控除されます。2026年10月以後は、それまでより1万円分だけ納税額が増える計算になります。

控除率 控除額 80%時との差額
80% 8万円 0円
70% 7万円 1万円増加
50% 5万円 3万円増加
30% 3万円 5万円増加

 次に、年間仕入額ベースで見ると、影響はより明確です。たとえば、免税事業者等への年間仕入額が税込5,500万円であれば、消費税相当額は500万円です。80%控除では400万円控除、70%控除では350万円控除となり、差額50万円が追加負担となります。

年間税込仕入額 消費税相当額 80%控除 70%控除 負担増
1,100万円 100万円 80万円 70万円 10万円
5,500万円 500万円 400万円 350万円 50万円
1億1,000万円 1,000万円 800万円 700万円 100万円

 さらに、1億円上限の例をみると、2026年10月以後、同一の免税事業者等からの年間税込仕入額が1億5,000万円であった場合、制度上の上限は1億円であるため、超過する5,000万円部分は経過措置の対象外となります。10%税率を前提にすると、1億円部分の消費税相当額約909万円に70%を掛けた約636万円のみが控除対象となり、5,000万円超過部分に含まれる消費税相当額約455万円については経過措置による控除を受けることができません。大企業や大口外注先を抱える企業では、この制限の影響は非常に大きくなります。

6.まとめ

 令和8年度税制改正では、インボイス制度の経過措置について、控除割合の引下げを緩和するとともに、適用期間を延長する見直しが行われました。事業者の急激な負担増を抑える内容となっていますが、控除割合は今後も段階的に縮小され、最終的には2031年10月より経過措置は終了します。そのため、免税事業者との取引を継続する企業ほど、将来的な消費税負担の増加を見据えた対応が欠かせません。また、年間1億円超の仕入れに対する新たな適用制限が設けられたことで、大口取引を行う企業は影響を受ける可能性があります。今後は、取引先の確認や契約内容の見直し、会計システムの設定変更、資金繰りへの影響分析などを計画的に進めることが重要です。制度内容は今後も変更される可能性があるため、国税庁などが公表する最新情報を継続的に確認し、自社の実態に応じた適切な税務・経理体制を整備していくことが、円滑な制度対応につながるでしょう。

著者近影
執筆者
RSM汐留パートナーズ税理士法人
パートナー 税理士
長谷川 祐哉

埼玉大学経済学部卒業。2015年税理士登録。
上場企業やIPO準備会社に対して、連結納税支援、原価計算・管理会計導入支援、会計ソフト導入支援などの高度なコンサルティングサービスを提供している。国税三法と呼ばれる所得税、法人税、相続税の3つの税務に精通。

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